O Arquipélago de Ilhabela abriga 11 espécies de cetáceos que frequentam a região ao longo do ano. A espécie que mais se destaca é a baleia-jubarte, famosa por seus saltos e cantos. Outra espécie que marca presença constante em Ilhabela é a baleia-tropical (Bryde), podendo ser considerada uma residente. Além das baleias, os golfinhos dão um show no mar, o arquipélago é privilegiado pela presença de 07 espécies diferentes. Os que mais encantam com suas acrobacias e simpatia são o golfinho-pintado-do-atlântico e o golfinho-nariz-de-garrafa. As toninhas são moradores ilustres, embora difícil de serem avistadas, podem ser consideradas residentes locais. Já as orcas visitam esporadicamente e podem ser avistadas em diferentes épocas do ano.